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本文对福建三明万寿岩遗址文化层形成、遗物与动物骨骼埋藏、风化、破坏等现象进行观察，认为灵峰洞旧石器早期文化遗物和化石，由于暴露于洞内表面时间较长而经受强烈风化、侵蚀与钙质胶结；船帆洞旧石器晚期遗址因洞口坍塌和外部水流侵漫进洞而被废弃，在潮湿环境下，遗物和化石遭受腐蚀、铁锰质浸染严重。3个文化层的遗物及伴生哺乳动物化石均属原地埋藏类型；而船帆洞内3号支洞化石的集聚是高层洞穴作为排泄通道时由流水携带堆积而成的异地埋藏。