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【目的】筛选适合棉纤维总RNA的提取方法，并对其进行改良，以满足转录组和表达谱测序要求。【方法】采用三种方法提取棉纤维总RNA，即改良的热硼酸法、Trizol法和离心柱试剂盒法。【结果】改良的热硼酸法提取的棉纤维总RNA质量最好，同时对该方法的改良更适合不同时期相同棉花品种和相同时期不同棉花品种棉纤维总RNA的提取。【结论】通过比较棉纤维总RNA的提取方法，发现改良的热硼酸法提取棉纤维总RNA质量最好，且对该方法的改良提取的总RNA更能够满足转录组和表达谱测序的要求。