甘肃口岸输入性新型冠状病毒全基因组测序和基因特征分析

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新型冠状病毒(SARS-CoV-2)作为一种单链RNA病毒,可引起人类严重的呼吸道综合征。本研究对2020年3月至2021年1月甘肃口岸入境人员中经RT-PCR检测SARS-CoV-2核酸阳性的8份样本进行全基因组测序,并用MEGA11软件以邻接法构建系统发育树,以揭示甘肃口岸输入性SARS-CoV-2基因组特征和遗传进化关系。全基因组测序获得8条长度为29 252bp~29 833bp的SARS-CoV-2基因组序列,基因组覆盖度97.82%~99.77%。与武汉参考株(GISAID号:EPI_ISL_402119)相比,共检测到64个错义突变,31个同义突变,3个移码突变和5个非编码等位基因。按照Pangolin分型法,8株输入性毒株属于B.1和B.4谱系。系统发育树分析显示来自伊朗的2例毒株聚集于同一进化支,其他6例毒株分布于不同的进化支中,与目前全球流行的关注变异株和武汉参考株均位于不同进化分支。值得注意的是,一株2020年10月份从俄罗斯输入的B.1.1.523谱系毒株出现时间早于文献报道的2021年3月份,说明该谱系可能在2020年10月或更早就已在俄罗斯流行。
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