【摘 要】
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利用基因组数据库(ensemble数据库),以分子生物学手段对鸡TRAFs家族进行了成员鉴定和生物信息学分析。通过Pfam蛋白家族数据库下载TRAF(PF00917,PF02176)的隐马可夫模型,利用
【机 构】
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河北科技师范学院河北省特色动物种质资源挖掘与创新重点实验室
【基金项目】
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河北省教育厅重点项目(项目编号:ZD2018225),河北科技师范学院博士启动基金(项目编号:2018YB002),河北省现代农业产业技术体系蛋鸡产业创新团队岗位项目(项目编号:HBCT2013090206)
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利用基因组数据库(ensemble数据库),以分子生物学手段对鸡TRAFs家族进行了成员鉴定和生物信息学分析。通过Pfam蛋白家族数据库下载TRAF(PF00917,PF02176)的隐马可夫模型,利用TBtools工具在鸡基因组中比对,同时利用Pfam,SMART工具进一步验证,采用MEGA,MEME,TBtools等工具分析鸡TRAFs家族成员蛋白理化性质,构建系统进化树,分析其基因结构,直系、旁系同源基因,定位染色体。本次研究在鸡基因组中鉴定获得了7条鸡TRAFs,命名为ChTRAF1~ChTRAF
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