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针对在训练一个序列家族的ProfileHMM时经常会得到局部最优HMM的问题,也就是说找到全局最优ProfileHMM的概率不高.通过分析训练一个序列家族ProfileHMM方法的特点和ProfileHMM本身的结构特点提出了一种结合多个局部最优或次优ProfileHMM来寻找最优模型的PSO算法,以提高序列家族ProfileHMM寻优的概率.