水稻糯性相关基因的全基因组关联分析

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利用1 090 071个SNP标记,对419份广西地方稻种资源核心种质的糯性进行全基因组关联分析。结果表明,运用混合线性模型,在P<4.72×10~(–8)(4.72E–8)水平下,检测到45个与糯性显著关联的SNP位点,均位于第6号染色体上。通过筛选显著关联位点上、下游各150 kb区域内的基因,共找到305个候选基因,其中包含2个与淀粉合成酶相关的Wx和SSIIa基因;同时在第6号染色体5.69–5.89 Mb区域发现4个与糯性显著关联的SNP位点,该区域可能是影响水稻(Oryza sativa)糯性的重要候选区域。 Using 1 090 071 SNP markers, genome-wide association analysis was conducted on the waxiness of 419 core collections of rice resources in Guangxi. The results showed that all the 45 SNPs significantly associated with waxy were detected at the level of P <4.72 × 10 -8 (4.72E-8), all of which were located on chromosome 6 using a mixed linear model. A total of 305 candidate genes were found, including two Wx and SSIIa genes related to starch synthase, by screened for genes in the 150 kb region upstream and downstream of the significant linkage sites. At the same time, in the region of 5.69-5.89 Mb on chromosome 6 Four SNPs significantly associated with waxy were found, which may be an important candidate for the waxiness of Oryza sativa.
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