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自组织方法论是在当代系统科学自组织理论的研究方法基础上建构起的综合方法论。自组织方法论突破了经典科学范式的局限，揭示了事物自主演化的图景，提出了一种生成的认识论思想，为突破简单思维下的传统教学提供了新的方法论视角，即祈向教学的整体性思维，建构教学的自组织机制，回归教学的质性研究，并优化课堂教学生态。