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为了解玛柯河的鱼类资源现状,2013年7月对玛柯河班玛县境内的干流和支流进行了鱼类资源调查。共采集大渡软刺裸裂尻鱼(Schizopygopsis malacanthus chengi)和玛柯河高原鳅(Triplophysa markehensis)574尾,平均全长分别为18.2 cm和12.3 cm。根据河段密度法估算出6条支流内两种鱼的资源量分别为42 059尾和42 352尾。环境因子与鱼类密度的相关性分析的结果显示,大渡软刺裸裂尻鱼和玛柯河高原鳅的密度与流速和比降呈现正相关,玛柯河高原鳅的密度还与水深呈负相关。