基于生物信息学的条斑紫菜microRNAs及其靶标预测

来源 :山西农业科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：wusyun

【摘要】

：

目前,作为模式红藻的条斑紫菜面临着日益严峻的生存危机。非编码RNA介导的基因后转录水平调控对于条斑紫菜资源的保护与开发具有十分重要的意义。研究利用BLASTn结合Mireap软

【作者】

：

尹旭岗冯佳吕俊平刘琪南芳茹谢树莲高帆

【机构】

：

山西大学生命科学学院

【出处】

：

山西农业科学

【发表日期】

：

2018年8期

【关键词】

：

MicroRNA(miRNA) 生物信息学条斑紫菜属靶标 MicroRNA（miRNA） bioinformatics Porphyra yezoensis

【基金项目】

：

国家自然科学基金项目（31670208）

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目前,作为模式红藻的条斑紫菜面临着日益严峻的生存危机。非编码RNA介导的基因后转录水平调控对于条斑紫菜资源的保护与开发具有十分重要的意义。研究利用BLASTn结合Mireap软件,共预测到5条新的条斑紫菜miRNAs;利用Target Finder工具预测到5条与紫菜生长发育及代谢相关的靶标基因,另预测到59条未知功能的靶标位点。Clustal W结合WebLoGO的分析结果显示了条斑紫菜miRNAs在植物间保守性;Clustal W结合MEGA的miR164家族系统进化结果显示,pre-miR64s与物

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