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仇保兴指出．水专项要从国家战略需求出发，把握目标导向。要以解决关系国家全局和长远发展的水环境、水安全和水生态相关的基础性、战略性、前瞻性重大科技目标为着力点．立足于应对全球气候变化和实现国家节能减排总体目标的紧迫需求．深入研究水专项”十二五”实施的指导思想、目标需求和战略重点。同时．要认真总结水专项“十一五”实施的经验教训．把握问题导向。仇保兴指出，“十一五”水专项一定程度上存在任务设置“小、散，全”．研究内容与地方需求脱节．技术研发未能为重大治污工程提供有效支撑等问题。