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目的
应用基因芯片技术检测胃固有肌层间质瘤基因表达谱,筛选出胃固有肌层间质瘤发生发展过程中差异表达基因,以期指导胃固有肌层间质瘤精准诊断及药物靶向治疗。
方法选取经内镜及腹腔镜治疗的6例胃固有肌层间质瘤组织及瘤周组织标本,提取总RNA,反转录合成cDNA,通过体外转录(IVT)合成biotin生物素标记cRNA,并与Affymetrix mRNA表达谱芯片杂交,采用差异倍数法筛选出差异表达基因;然后利用PANTHER/KEGG数据库及Gene Ontology功能分析软件对这些差异基因进行生物信息学分析。
结果该研究共筛选出3 293个差异表达基因,其中上调2 588个,下调705个,尤以DPP10、ETV1、DKK4、CXCL14、MT1M基因差异表达显著。发现这些差异基因涉及多个与肿瘤相关信号通路,如Wnt信号通路、Rap1信号通路、细胞外基质受体相互作用、Ras信号通路、P13K-AKT信号通路、细胞粘附等。
结论胃间质瘤组织与瘤周组织之间存在多个明显差异表达基因,如DPP10、ETV1、DKK4、CXCL14、MT1M等,可能参与胃间质瘤发生和发展的调控,也可能是胃间质瘤发生相关的新的分子标记物或治疗新靶点。对这些差异基因及所涉及的调控通路进行深入研究,将有助于胃间质瘤的诊断、治疗及预后判断。