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山区开矿和城镇建设使毛木耳资源日益匮乏，为了合理保护利用毛木耳资源，为新品种选育提供理论依据。也为毛木耳DNA指纹图谱的构建奠定基础，从分子水平上探讨毛木耳种间、品种间遗传关系，用ISSR标记分析毛木耳种质资源。结果表明：从27条ISSR引物中筛选出适合毛木耳种质分析的17个ISSR引物。17个引物共扩增出155条带，多态性位点155；多态性位点比率100％。基于扩增条带数据库建立了Jaccared遗传相关系数矩阵。构建了相似的分子树状图，将55个供试菌株分为5类群：Ⅰ类群含12个菌株，Ⅱ类群含11个菌株