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中国科学社作为民国时期最为重要的综合性科学社团，对各专门学会的创立与发展有指导与示范作用，但没有成为联合全国各专门学会的统一组织，没有担负起“指导、联络与奖励”中国科学发展的学术评议功能。这一角色转换没有完成，与民国各重要学术团体之间存在“门户”之见、中国科学社自身由于历史原因形成的组织系统、国民政府国家科学发展体系的形成等因素有关。这样，作为制衡政府强力的民间科学社团力量在民国时期并没有形成统一的合力，极大地影响了民国科学的发展。