纵观现有区域经济差异研究文献及理论都存在一个悖论：区域经济差异变化过程是单一的倒U型或是阶段性的收敛或发散过程不甚明确。本文利用新自由主义经济学理论基本观点和研究结论，从理论上推导区域经济差异过程变化过程是一个周期部分和短期波动部分叠加的过程，区域经济差异是周期波动现象而非简单的倒U型变化过程。建立区域经济周期波动理论后，界定相应的研究方法及标准。为了验证区域经济差异周期波动理论和方法适用性。从1978年到2008年的30年间中国区域经济发生了一系列的变化：伴随着计划经济体制到市场经济体制的转轨，区域经济差异也相应产生了很大的变化和分化。本文提出前人研究忽略的区域经济差异周期性问题，为此设计并验证区域经济差异周期波动模型。利用区域经济差异的绝对指标(人均GDP增长率、人均GDP)及相对指标(人均GDP泰尔系数和吉尼系数等数据)，作者揭示中国区域经济差异运动具有如下特征：(1)区域经济差异整体变化具有显著的周期性，而非单纯的阶段性收敛或扩散特征；(2)经济差异的周期性波动是市场内化动力与外部政策作用的耦合结果，但是后者作用力在逐渐减弱；(3)中国区域经济差异整体长期趋势为经济差异减速递增，区域经济差异的走向还是在扩张阶段，面且还没有达到拐点时期，中国区域经济差异还将在一定时期内扩大。通过建立基本完整理论、方法，利用中国特殊经济发展阶段各时间段内的区域经济差异值实证得出中国区域经济差异存在周期波动特点，具有明显的三大周期单元和若干的短期波动部分叠加组合形成了中国近60年来区域经济差异变化过程。