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马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)株系分化现象明显,难于准确鉴定。本研究利用核酸序列分析工具对PVY主要株系的全基因组序列、cp基因序列和p1基因序列进行了系统分析,探明了PVY主要株系的分子特征。结果表明,具有PVYN株系血清型的PVYN、PVYNTN株系与具有PVYO株系血清型的PVYO、PVYN:O、PVYNW株系间在cp基因第50位和第86位核苷酸处存在特异性分子变异;将p1基因与cp基因联合进行序列分析可对PVY各主要株系进行准确的鉴定,并建立了具体的分析方法。