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选用国内专利申请受理数、国外主要检索工具收录的科技论文数、技术市场成交合同金额这三个指标运用熵值法构建区域R＆D产出指数，将全国分为四类水平区并进一步运用指数的三个分指标分析其时间序列上区域分异特征，以期全面认识2001年以来我国R＆D产出水平的区域差异及变化特征。结果表明：R＆D产出指数总体差异明显，四类区域之间及其内部的差异有分化；区域R＆D知识产出不平衡性有所改善；区域技术创新能力呈分化趋势；区域R＆D成果商品化能力的差异持续扩大。