中菲南海争端的实质是南海部分岛礁的主权归属和海洋划界争议,国际仲裁法庭对此没有管辖权,也不得指示临时措施。不过,如果仲裁法庭将中菲南海争端解释为中菲南海管辖权之争,则其有可能对中菲南海争端行使管辖权,进而指示临时措施。但无论如何,仲裁法庭不得对中菲南海争端所涉岛礁的主权归属问题作出裁决,也不得作出对岛礁主权归属产生实质性影响的裁决,否则就是对中国国家主权的侵犯。从国际法的角度看,在中菲南海争端问题上,中国政府应当尽快形成关于菲律宾提交的国际仲裁申请的研究报告,积极与菲方进行谈判,争取达成和平解决争端的协议,按照国际法和相关国内法进行南海执法维权,完善国际司法机构实践发展年度报告制度,在适当的时候,在有利于维护中国领土主权和海洋权益的前提下,考虑接受国际司法机构对海洋争端的管辖。