【摘 要】
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目的克隆成人腹泻标本WH-1中B组轮状病毒组(group B rotavirus, GBRV)非结构蛋白NSP2基因,分析其核苷酸序列,比较与其它GBRV基因同源性,预测其mRNA二级结构、蛋白质二级结构.
【机 构】
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武汉市疾病预防控制中心,华中农业大学生命科学院,Department of Hygiene,中国科学院武汉病毒研究所分子病毒学重点实验室
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目的克隆成人腹泻标本WH-1中B组轮状病毒组(group B rotavirus, GBRV)非结构蛋白NSP2基因,分析其核苷酸序列,比较与其它GBRV基因同源性,预测其mRNA二级结构、蛋白质二级结构. 方法利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术,从成人腹泻标本WH-1中扩增GBRV NSP2基因,克隆载体pUCmT,对NSP2基因进行核苷酸序列分析.利用GeneBee软件比较与其它GBRV毒株NSP2基因同源性,Rnaviz2.0软件绘制NSP2基因的二级结构,PredictProtein软件分析NSP2蛋白结构. 结果成人腹泻标本WH-1中GBRV非结构蛋白NSP2基因全长1007bp,与ADRV核苷酸序列的同源性达98%,与印度加尔各达分离株CAL-1达82%,与IDIR(鼠)同源性仅为79%.氨基酸序列与ADRV的同源性达98.4%,与CAL-1达97.7%,而与IDIR仅为89.0%.其mRNA折叠形成多达26个发卡环状结构.NSP2蛋白是由301个氨基酸残基组成的多肽,含有2个潜在的N-糖基化位点和多个磷酰化位点. 结论成人腹泻标本WH-1中GBRV非结构蛋白NSP2基因和氨基酸序列与人GBRV有较高的同源性,而与动物中GBRV同源性相对较低,其中与ADRV的同源性最高,推测GBRV WH-1株与ADRV具有相同起源.
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