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考虑水资源和土地资源大系统特征,以灌区灌溉净效益最大为目标,建立缺水灌区农业水土资源优化配置模型,根据模型特点,提出多阶段人工鱼群算法。将模型应用于某大型灌区,得出灌区2015年平水年(P=50%)和一般干旱年(P=75%)3种主要农作物的优化种植面积以及水资源年内分配方案,结果表明:采用优化配置模型优化效果显著,2015年平水年(P=50%)与一般干旱年(P=75%)农业净效益比采用传统配置模式下的农业净效益分别提高7.5%和10.3%;多阶段人工鱼群算法对解决缺水灌区复杂的农业水土资源优化配置问题合理有效,为大系统优化问题提供了一种新的解决思路。