【摘 要】
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目的:根据白花前胡转录组数据中简单重复序列(simple sequence repea,SSR)的位点信息,统计分析后进行引物设计,为开发新的SSR标记做准备。方法:利用Microsatellite(MISA)软件
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目的:根据白花前胡转录组数据中简单重复序列(simple sequence repea,SSR)的位点信息,统计分析后进行引物设计,为开发新的SSR标记做准备。方法:利用Microsatellite(MISA)软件对前胡转录组数据70 752条Unigenes的SSR位点信息进行分析,使用Primer 3软件设计引物,并进行筛选。结果:在白花前胡转录组中共检测到12 267个SSR位点(出现频率为17.34%),分布在10 674条Unigenes中,平均3.78 kb就出现1个SSR位点;在白花前胡转录组SSR中,从单核苷酸至六核苷酸重复类型均有出现,其中二核苷酸重复基元是主要重复类型,占SSR总数的61.57%,其次是单核苷酸重复(16.82%)和三核苷酸重复(15.73%),其余仅占0.73%,并且不同重复类型之间的平均距离差异较大;在93种重复基元中,单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸重复基元分别为2、6、30、40、8、7种,其中单核苷酸重复基元A/T、二核苷酸重复基元AT/TA和三核苷酸重复基元CTT/GAA是优势重复基元,分别占SSR总数的16.59%、38.21%和1.14%,其余类型核苷酸重复基元较多,数量较少;通过设计共得到10 254对引物,按照SSR序列长度大于20bp的标准筛选得到其中841对SSR引物。结论:白花前胡转录组中SSR位点出现频率高,重复类型多样,特别是以单、二、三核苷酸重复为主SSR在多态性潜能方面有较高的应用价值,可以有针对性的进行引物设计并加以应用。
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