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1897年6月1日，杨钟健出生在陕西华州．父亲是陕西著名教育家杨松轩。从童年时起，他就离家跟随在父亲身边读书。1923年夏．杨钟健从北京大学地质系毕业后，接受老师李四光的建议，赴德国慕尼黑大学地质系占生物专业，专攻古脊椎动物学。他的博士论文《中国北部之啮齿类化石》被认为是中国占脊椎动物学诞生的标志。