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目的：指导临床对肛瘘治疗的手术方式进行选择与评价。方法：将自2013年9月-2014年9月期间，住院部收治的肛瘘患者共计50例纳入研究，遵循数字随机表方法分组，分别设置为对照组、观察组。对照组25例患者采取肛瘘切开切除术治疗；观察组25例患者采取肛门括约肌瘘管结扎术治疗。对两组患者手术成功率，术后肛门括约功能恢复情况进行对比观察。结果：对照组手术成功率为92.00％（23/25），观察组手术成功率为96.00％（24/25），两组手术成功率对比不具有明显差异，P＞0.05，无统计学意义。对照组术后肛门括约功能恢复有效率为68.00％（17/25），观察组为88.00％（22/25），观察组明显高于对照组，两组数据对比具有明显差异，P＜0.05，有统计学意义。结论：肛门括约肌瘘管结扎术治疗的手术成功率与肛瘘切开切除术相当，但在术后肛门括约功能恢复方面更具优势，可作为基础手术方案，推广应用。