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基于2001-2011年我国高等农林院校的相关统计数据，运用DEA方法对我国高等农林院校的科技资源配置效率进行测度，结果表明：我国高等农林院校科技资源配置效率总体水平较高，但是不同的年份存在由于科技经费投入不足导致的资源配置效率不合理的现象。提出了提高我国农林高等院校的科技资源配置效率需要市场、政府和社会三种配置方式相互联动的建议。