通过高通量多组学数据的整合分析,可以为诠释植物耐盐分子机制提供新思路。以南方型紫花苜蓿‘Millennium’为材料,对正常培养和盐胁迫条件下的2个样品根系进行转录组和蛋白质组关联分析,以期发现紫花苜蓿耐盐相关候选基因。结果表明:蛋白质组和转录组相关性并不高,定量蛋白和基因关联系数为-0.0013;变化趋势相反差异蛋白和基因的表达关联系数为-0.3648;变化趋势相同差异蛋白和基因的表达关联系数为0.2620。鉴定出与差异蛋白表达趋势相同的差异基因25个,上调表达14个,下调表达11个,这些差异基因涉及代谢、信号转导、蛋白质降解、防御、抗氧化、细胞骨架、膜与转运、转录和其他未知等方面的功能。另外,关联分析发现TIP1;1型水通道蛋白(AQP)、钙调素结合蛋白(Ca MBP)、富亮氨酸重复类受体激酶(LRR-RLK)、C2H2型锌指蛋白(ZFP)、β-1,3-葡聚糖酶(β-1,3-Glu)、晚期胚胎富集蛋白(LEA)、蔗糖合成酶(SS)、ATP结合盒转运蛋白(ABC)和III类过氧化物酶(PRXs)等差异基因可能在紫花苜蓿耐盐中发挥重要作用。该研究表明:利用转录组和蛋白质组的关联研究技术可以有效地发现紫花苜蓿耐盐相关候选基因,为阐明紫花苜蓿对盐胁迫的应答机制提供新线索。