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为了得到良好的统计特性，DFT（离散傅里叶变换）算法要求时域采样点数N足够大，但N越大计算量也越大。针对电力系统谐波分析中谐波次数远小于时域采样点数的特点，提出一种适用于电力系统谐波分析的不对称DFT算法，并从理论上论证了不对称DFT算法给出的结果正好是谐波系数的最小二乘估计。同时研究了不对称DFT算法在电力系统谐波分析中的应用，研究结果表明，不对称DFT算法不仅计算量比标准FFT算法少，而且统计特性也十分优良。