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健康人上呼吸道有数百种细菌定植，这些菌群维持相对稳定，构成上呼吸道正常菌群。正常菌群通过相互竞争、纤毛摆动、上皮细胞不断更新和局部免疫球蛋白等对抗病原体，对呼吸道防御机制有一定意义，可以阻止或抑制致病菌的定植与入侵。随着疾病严重性增加，医疗技术水平的发展、抗生素的大量使用及各种侵袭性操作，上皮细胞表面环境改变使致病菌易于粘附于口咽部粘膜，并对抗防御机制，进而发生细菌的定植，这就导致临床对所分离培养出细菌是致病菌还是定植菌的判断及针对病原菌的治疗带来困难。