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港口集装箱运输是现代港口运输的主要发展模式，其发展水平是衡量一个国家经济发展的重要标准。在金融危机的影响下，世界经济急速下滑，港口集装箱的吞吐量受到国际贸易萎靡的影响。在中国，港口集装箱运输发展迅速，产生了港口发展与产业发展的均衡性问题。本文在分析中国当前港口集装箱运输和产业结构的发展基础上，利用计量经济学中的协整理论和误差修正模型检验了中国港口集装箱吞吐量与制造业增加值占GDP比重和制造业增加值总量的长期均衡和短期动态变化的关系，利用格兰杰因果检验考察相互作用机制。最后根据模型分析出中国港口集装箱吞吐量的发展趋势，得出结论。