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提出了基于能量的氨基酸网络加权方式。基于该加权氨基酸网络模型，构建了新的对接打分函数。采用该打分函数对20个体系的非结合态对接采样结果进行打分排序，并与RP打分函数结果进行比较。通过分析发现，基于氨基酸网络的打分函数，在一些指标上的结果优于RP打分函数。该工作为进一步应用复杂网络的方法研究蛋白质结构一功能关系奠定了基础。