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国家科技重大专项是我国科技发展的重中之重,实施重大专项促进产学研合作,是加快国家创新体系建设的重要途径。高校是科技创新的重要源泉,是高层次创新人才培养的重要基地,承担重大专项是当前高校提升科技创新能力、服务国家创新驱动发展战略、促进创新型国家建设的重要体现。从实际管理出发,分析了重大专项的组织管理和实施特点,深入探讨了当前高校承担重大专项存在的主要困难和问题,并提出了相应的管理对策和建议。