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弓形虫脑炎由原虫鼠弓形虫引起。疾病均由隐匿的组织包囊激活所致。偶尔原发感染可伴有急性大脑或弥漫性疾病。血清流行病学随不同社区而有明显差异(即在美国大约为15%,在某些欧洲国家为50%-75%)。在前ART时代,鼠弓形虫血清学阳性和未接受抗鼠弓形虫有效化学预防的进展性免疫抑制者,TE的12个月发生率大约为33%。在欧洲和美国,发病率和相关病死率随ART使用和广泛使用对鼠弓形虫有效的化学预防而明显下降。