【摘 要】
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蛋白质结构预测是后基因组时代的一项重要任务,蛋白质二级结构预测是蛋白质结构预测的关键步骤。现在一般认为,如果蛋白质二级结构的预测准确率达到80％的话,就可以基本准确地
【机 构】
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大连理工大学计算生物学与生物信息学研究所,大连理工大学神经信息学研究所
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蛋白质结构预测是后基因组时代的一项重要任务,蛋白质二级结构预测是蛋白质结构预测的关键步骤。现在一般认为,如果蛋白质二级结构的预测准确率达到80％的话,就可以基本准确地预测一个蛋白质分子的三维空间结构。目前蛋白质二级结构预测的方法不断涌现,提供二级结构预测的网站也逐渐增多。为给广大研究工作者在选择使用这些预测方法时提供一种参考,文章采用统一的标准对10种比较重要而且有效的方法进行测试,并在此基础上做出评价和分析,这10种方法是:GOR Ⅰ、PROF、GORⅣ、NNPREDICT、PHDsec、SSpro v 2.0、PSIPRED、PREDATOR、SOPMA和APSSP2。比较结果显示:APSSP2、SSpro v 2.0和PSIPRED方法的预测效果较好,可以作为使用时的首选方案,其中尤其以APSSP2方法的预测效果最佳。
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