食用菌在栽培过程中，除了受病原物的侵染不能正常生长发育外，同时还会遇到某些不良因子的影响，造成生长发育的生理性障碍，产生各种异常现象，导致减产或品质下降，即所谓生理性病害，如菌丝徒长、畸形菇、硬开伞、死菇等现象。
　　1.菌丝徒长
　　1.1病害产生原因 栽培中均有菌丝徒长现象的发生。在菇房（床）湿度过大和通风不良的条件下，菌丝在覆土表面或培养料面生长过旺，形成一层致密的不透水菌被，推迟出菇或出菇稀少，造成减产，这种病害除了与上述环境条件有关外，还与菌种有关。在原种的扩繁过程中，气生菌丝挑取过多，常使母种和栽培种产生结块现象，出现菌丝徒长。
　　1.2防治措施 一旦出现菌丝徒长，应立即加强菇房通风，降低二氧化碳浓度，降低细土表面湿度，并适当降低菇房温度，抑制菌丝徒长，促进出菇。若土面已出现菌被，可将菌膜划破，然后喷重水，大通风，仍可出菇。
　　2.畸形菇
　　2.1病害产生的原因 袋料栽培过程中，常常出现形状不规则的子实体，形成未分化的组织块，或出现由无数原基堆集成的花菜状子实体，菌柄不分化或极少分化，无菌盖。原基发生后的畸形菇，是由异常分化的菌柄组成珊瑚状子实体，无菌盖或者极小。常产生菌柄肥大，盖小肉薄，或者无菌褶的高脚菇等畸形菇。
　　2.2防治措施 造成食用菌畸形的原因很多，主要是二氧化碳浓度过高，供氧不足，此时应及时降低二氧化碳浓度；覆细土颗粒，确保出菇部位适中；加强光照；降低湿度；注意用药，以免引起药害。
　　3.薄皮早开伞
　　3.1病害产生的原因 在出菇旺季，由于出菇过密，温度偏高（18℃以上），很容易产生薄皮早开伞现象，影响蘑菇质量。
　　3.2防治措施 在栽培中，菌丝不要过高，宜将出菇部位控制在细土缝和粗细土粒之间；防止出菇过密，适当降低菇房温度，避免薄皮早开伞现象。
　　4.空根白心
　　4.1病害产生的原因 在旺产期如果温度偏高（18℃以上），菇房相对湿度太低，加上土层较干，蘑菇菌柄容易出现白心。在切削过程中，或加工泡水阶段，有时白心部分收缩或脱落，形成菌柄中空的蘑菇，严重影响质量。
　　4.2防治措施 为了防止空根白心蘑菇的产生，可在夜间或早晚通风，适当降低温度，同时向菇房空间喷水，提高空气相对湿度。喷水要轻重结合，尽量使粗土细土都保持湿润。
　　5.硬开伞
　　5.1病害产生的原因 温度低于18℃，且温差变化10℃左右时，蘑菇的幼嫩子实体往往出现提早开伞（硬开伞）现象。在突然降温，菇房空气湿度偏低的情况下，蘑菇硬开伞现象尤甚，会严重影响蘑菇的产量和质量。
　　5.2防治措施在低温来临之前，做好菇房保温工作，降低室内温差，同时增加菇房内空气相对温度，可防止或减少蘑菇硬开伞现象。
　　6.死菇
　　6.1病害产生的原因 尤其是头两潮菇出菇期间，小菇往往大量死亡，严重影响前期产量。
　　6.2防治措施 出菇过密过挤，营养供应不足；高温高湿，菇房或菇场通风不良，二氧化碳累积过量，致使小菇闷死；出菇时喷水过多，且对菇体直接喷水，导致菇体水肿黄化，溃烂死亡；用药过量，产生药害，伤害了小菇。