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以沱牌酒厂地面曲和架子曲为研究对象,将地面曲和架子曲的曲皮和曲心微生物总DNA进行了细菌V3区、古菌V7～V8区和真菌18S rDNA片段扩增后,利用DGGE及Quantity Qne软件分析,同时对大曲真菌DGGE图谱中主要优势条带进行克隆测序。结果表明,曲内微生物群落结构主要因大曲的不同部位而有所差异,制曲方式占次要地位。从2种曲中均检测出了嗜热真菌丝衣霉状篮状菌(Talaromyces byssochlamydoides)及入窖粮糟中也存在孢圆酵母(Torulaspora)。