芽胞杆菌采集标准规程的构建与应用

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  摘 要:芽胞杆菌样品采集工作包括实物采集和信息采集两个部分。通过构建“芽胞杆菌采集标准规程”,在实物采集方面,进一步规范了科技人员在芽胞杆菌资源采集行为,实现采样的标准化、规范化;而在信息采集上,芽胞杆菌采集标准规程涵盖了与国家菌种保藏登记对接的所有样品采集信息,运用GPS定位、手机app、照片记录、视频拍摄、文字描述等多种手段详细记录采集地的地理信息、生态特性、生境特点,实现样本的高效采集。
  关键词:芽胞杆菌;采集;资源保藏;标准规程
  DOI: 10.13651/j.cnki.fjnykj.2018.01.016
  Abstract: The collection of Bacillus samples includes both material object collection and information collection. The “standard procedures for Bacillus collection” could guarantee the scientific and technical personnel’s collection of Bacillus resources by further standardizing the sampling activities in material object collection; and for the collection of information, the standard procedure for the collection of Bacillus covered all information of the collected samples access to national spawn preservation and registration, so the efficient collection of geographic information, ecological characteristics, and habitat trait of the collection site could be realized by various ways, including GPS positioning, mobile phone app, photo recording, video, text description and other means.
  Key words: Bacillus; collection; resource conservation; standard procedures
  福建芽胞杆菌资源保藏中心是芽胞杆菌专属资源库,其基本任务是芽胞杆菌资源的采集与保存。土壤是芽胞杆菌的大本营,所以福建省农业科学院芽胞杆菌研究团队(以下简称“研究团队”)常年开展土壤样品的采集工作,尤其注重对极端环境下土壤样品的采集。统计至2017年共采集土壤样品15800份,保存芽胞杆菌菌株34892株[1-2]。
  微生物样品采集包括实物采集和信息采集两个部分,对样品背景信息采集也非常重要。而对样品背景信息的采集,需涵盖菌种保藏登记的全部信息。以中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心(China General Microbiological Culture Collection Center,CGMCC)为例,菌种保藏登记包括了样品采集地点、采集时间、海拔、经纬度、分离源等多项采集信息。
  通过制定芽胞杆菌采集标准规程,使样品信息采集包含了与国家菌种保藏登记对接的所有信息,并额外提供了生境照片和生境描述等多项样品背景信息,为相关研究提供了便利条件。芽胞杆菌采集标准规程进一步规范芽胞杆菌资源采集,运用系列手机app详细记录采集地的地理信息、生态特性、生境特点。
  1 芽胞杆菌采集标准规程的制定
  1.1 编写标签
  标签用统一的便笺纸,每个采集人员用一个编号,如L1、L2…或C1、C2…等,编号用记号笔书写,为了方便拍照,字体要足够大。便笺填写后,将其贴在土壤采集袋(自封袋)上。
  1.2 土壤封装
  土壤采集袋采用9#自封袋(280 mm×200 mm),根据采样条件,采用铲子和镐子等工具。采集后装入土壤采集袋中,封口。
  1.3 样品拍照
  采集土样后封口,样品标签朝正面拍照。用带经纬度的相机app,如水印相机、时间相机等,用于记录生境、样品编号、地名、采集时间、经纬度。1个样品两张照片,样品TL56采集生境、地名、经纬度、海拔见图1~2,样品TL70采集生境、地名、经纬度、海拔见图3~4。在科学考察照片保存方面,及时将当日照片上传至有道云笔记。
  1.4 样品点的记录
  在采集过程中,需使用GPS仪记录各个生境点的经纬度信息和海拔信息,并结合文字和照片(视频)记录,作为样品信息的补充和确认。
  2 芽胞杆菌采集土壤信息记录
  在采集过程中,结合拍照和写科学考察、笔记等方式,及时记录采集土壤的生境类型、采集地植被和采样地点等信息。完整的芽胞杆菌土壤信息需包括以下9项信息:采样地点、生境类型、采集地植被、经纬度、海拔、采集时间、入库编号、采样人、备注信息。
  3 芽胞杆菌采集手机辅助app
  在芽胞杆菌资源采集中,智能手机也成为重要的记录工具。科学考察过程中使用较多的手机app主要有集成环境信息的拍摄app和植物识别app。
  3.1 集成多维信息的拍摄app
  芽胞杆菌资源采集过程,包括了采集、定位、记录、封装等多个工作流程。由于需要逐一测量和记录经纬度、海拔、时间、生境等多项信息,采集效率很低。因此,选用了集成环境信息的拍摄app(以水印相机、时间相机为例),只要两张照片就能记录采集生境、样品编号、地名、采集时间、经纬度、海拔等多项信息,提高了工作效率,也為后期的资料整理提供了便利。   3.1.1 水印相机app 应用该app可在拍照时添加地点、时间、海拔、经纬度等信息(图5~8)。该app可在无网络信号的情况下使用,读取经纬度和海拔信息,但无法读取地理位置信息。
  3.1.2 时间相机app 应用该app可以在拍照时添加地点、时间、经纬度等信息(图9~10)。该app最大的優点是可以在无网络信号的情况下读取经纬度和海拔信息,但无法读取地理位置信息。
  3.2 植物识别app——形色
  芽胞杆菌资源采集经常要采集植物的根系土壤,那么对各种植物的准确识别就显得非常重要。在野外由于条件限制,同时几个小组采集,虽然通过请教专家或者翻看图册可以解决,但效率不高。在手机上使用形色app可以作为科学考察现场植物初步识别手段,方便野外记录和资料整理,后期再结合文字描述和图片进行植物种类鉴定。
  形色app数据库包含4000种植物,使用形色app可拍照上传植物照片,扫描得到植物名称。在科学考察过程中,可以提供初步参考,也方便后期对该植物进行检索和确认。同时包含形色地图等功能,可以快速发现周边的植物(图11~13)。
  4 讨论
  随着科技的发展,越来越多的科技产品和技术被应用于科学考察中,如卫星遥感技术、无人机等等。GPS定位、手机app、照片记录、视频拍摄、手写描述等多种技术手段被应用于芽胞杆菌野外科学考察。在野外工作,恶劣的环境天气,高强度的采集工作,停留采集地的时间限制,对用于记录样品信息的工具提出了更高的要求。可离线运作、集成多维信息的手机app,在实际使用中脱颖而出,保证了在无网络状态下,软件依然能详细记录采集地的地理信息、生态特性、生境特点等信息。实现两张照片记录所需信息,大大解放了双手,实现了“一人一小组”的样品采集和信息登记,大大提高了采集效率。
  芽胞杆菌采集标准规程的构建进一步规范了科技人员的采集行为,实现采样的标准化和规范化;而在信息采集上,该规程涵盖了与国家菌种保藏登记对接的所有样品采集信息,保障了样本的有效采集、保存和利用,对进一步开展芽胞杆菌研究具有重要意义。
  参考文献:
  [1]陈峥,刘波,朱育菁,等.西藏羌塘高原芽胞杆菌资源的收集与保存[J].西藏科技,2017(6):74-76,80.
  [2]陈峥,刘波,朱育菁,等.青藏高原芽胞杆菌资源的收集与保存[J].福建农业科技,2017(9):61-64.
  (责任编辑:杨小萍)
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