论文部分内容阅读
摘 要:为研究齐齐哈尔汉族人群DYS393等11个Y-STR基因座的遗传多态性并用于法医学鉴定,通过采用PCR复合扩增和基因测序仪检测方法,检查126个无关男性个体,调查齐齐哈尔汉族的11个Y-STR基因座的单倍型频率。结果表明11个Y-STR基因座具有丰富的遗传多态性,可用于法医学个体识别和亲子鉴定。
人类Y染色体特异的短串联重复序列(Y-STR)基因座是位于男性Y染色体上的人类多态性STR位点,一般情况下,只有男性个体才有Y染色体,因此,Y- S T R具有男性遗传,男性特异性的特点.Y- S T R即可作为性别鉴定的依据,同时在法医学精斑及混合斑检验中发挥着重要作用。本研究采用PCR复合扩增和基因测序的检测方法,分析DYS393、DYS389、DYS389Ⅱ、DYS439、DYS438、DYS437、DYS19、DYS392、DYS391、DYS390和DYS385等11个Y-STR基因座在齐齐哈尔汉族群体中的遗传多态性及其分布特征,现报告如下。
1 材料和方法
1.1研究对象
126名齐齐哈尔汉族无关男性个体,均为本实验室鉴定案件所积累,每人取静脉血2ml,5%EDTA抗凝。
1.2检测方法
1.2.1 DNA提取
采用Chelex-100方法[1]提取DNA
1.2.2 PCR扩增
采用Promega(普洛麦格)公司PowerPlex?誖 Y System,对DYS393等11个Y-STR基因座在同一个反应体系中进行复合扩增。总PCR反应体系为10μL,内含Master Mix 1μL,Primer Pair Mix 1μL,金牌Taq酶0.25μL,d H2O 6.75,DNA 1μL。扩增采用ABI 9700型PCR扩增仪。循环参数为95℃ 11min→96℃ 1min→94℃ 30s→60℃ 30s→70℃ 45s→90℃ 30s→58℃ 30s→70℃ 45s→60℃ 30min→4℃ 保存。
1.2.3 PCR扩增产物的检测及结果分析
PCR产物用美国ABI 3130XL DNA测序仪分析。PCR产物1.0μL,ILS600内标0.8μL,Hi-Di 10.0μL,混勻编号,放入电泳仪中。GeneMapper?誖 ID Software v3.3软件分析Y-STR基因型。各基因座的不同等位基因,按照国际法医遗传学会DNA委员会(ISFG)推荐的命名原则进行命名[2]。
1.2.4数据处理
单倍型检出频率用直接计数法,基因多样性及单倍型多样性按公式GD=n(1-Pi2)/(n-1)计算(Pi为等位基因或单倍型频率)计算。[3]
2结果与分析
检测126份无关男性样本,DYS393基因座检出6个等位基因,GD值0.6840634836;DYS389Ⅰ基因座检出5个等位基因,GD值0.66412695;DYS389Ⅱ基因座检出8个等位基因GD值0.777809779,DYS439基因座检出6个等位基因,GD值0.674285722;DYS438基因座检出5个等位基因,GD值0.428317509;DYS437基因座检出3个等位基因,GD值0.4011429333;DYS19基因座检出5个等位基因,GD值0.7489523326;DYS392基因座检出5个等位基因,GD值0.7506031934;DYS391基因座检出4个等位基因,GD值0.464634921;DYS390基因座检出5个等位基因,GD值0.6896507423;DYS385基因座检出38个等位基因,GD值0.4541583306。GD值最高的为0.777809779(DYS389Ⅱ),GD值最低的为0.4011429333(DYS437)。11个Y-STR基因座的单倍型共112种,单倍型多样性达0.985260771。
3讨论
Y-STR基因座为人类男性所特有,按单倍型父系遗传;对正常女性DNA进行Y-STR分型,结果为阴性;并且在女性DNA含量很高的背景下,可以不受女性成分的干扰;适合应用于混合样品的检测分析。因此,Y-STR基因座在法医学个体识别和父权鉴定中具有特殊应用价值,同时也适合应用于无创伤害性产前分子遗传分析。
本研究调查126例齐齐哈尔汉族无关男性个体,检出DYS393基因座的6个等位基因,DYS389Ⅰ基因座的5个等位基因,DYS389Ⅱ基因座的8个等位基因,DYS439基因座的6个等位基因,DYS438基因座的5个等位基因,DYS437基因座的3个等位基因,DYS19基因座的5个等位基因,DYS392基因座的5个等位基因,DYS391基因座的4个等位基因,DYS390基因座的5个等位基因,DYS385基因座的38个等位基因;共检出112种单倍型,单倍型多样性达0.985260771,获得了齐齐哈尔汉族群体的11个Y-STR基因座单倍型频率等数据,表明该系统具有较强的个体差异,显示齐齐哈尔汉族群体的11个Y-STR基因座具有丰富的遗传多态性。
参考文献(References):
[1] Walsh PS, Metzger DA, Higuchi R. Chelex 100 as a medium for simple extraction of DNA for P CR-based typing from forensic material.Biotechniques,1991,10:506~518
[2] Gill P, Brenner C, Brinkman B, Budowle B, Carracedo A, Jobling M A, Kayser M, Krawczak M, Mayr W, Morling N, Olaisen B, Pascali V, Prinz M, Roewer L, Schneider P M, Sajantila A, Tyler-Smith. DNA Commission of the International Society of Forensic Genetics: recommendations on forensic analysis using Y-chromosome STRs. Forensic Sci Int, 2001, 124 : 5~10
[3] Carracedo A, Beckmann A, Bengs A . Result of a collaborative study of EDNAP group regarding the reproducibility and robustness of the Y-chromosome STRs DYS19, DYS389Ⅰand DYS389Ⅱ, DYS390 and DYS393 in a PCR pentaplex format. Forensic Sci Int,2001,119:28.
人类Y染色体特异的短串联重复序列(Y-STR)基因座是位于男性Y染色体上的人类多态性STR位点,一般情况下,只有男性个体才有Y染色体,因此,Y- S T R具有男性遗传,男性特异性的特点.Y- S T R即可作为性别鉴定的依据,同时在法医学精斑及混合斑检验中发挥着重要作用。本研究采用PCR复合扩增和基因测序的检测方法,分析DYS393、DYS389、DYS389Ⅱ、DYS439、DYS438、DYS437、DYS19、DYS392、DYS391、DYS390和DYS385等11个Y-STR基因座在齐齐哈尔汉族群体中的遗传多态性及其分布特征,现报告如下。
1 材料和方法
1.1研究对象
126名齐齐哈尔汉族无关男性个体,均为本实验室鉴定案件所积累,每人取静脉血2ml,5%EDTA抗凝。
1.2检测方法
1.2.1 DNA提取
采用Chelex-100方法[1]提取DNA
1.2.2 PCR扩增
采用Promega(普洛麦格)公司PowerPlex?誖 Y System,对DYS393等11个Y-STR基因座在同一个反应体系中进行复合扩增。总PCR反应体系为10μL,内含Master Mix 1μL,Primer Pair Mix 1μL,金牌Taq酶0.25μL,d H2O 6.75,DNA 1μL。扩增采用ABI 9700型PCR扩增仪。循环参数为95℃ 11min→96℃ 1min→94℃ 30s→60℃ 30s→70℃ 45s→90℃ 30s→58℃ 30s→70℃ 45s→60℃ 30min→4℃ 保存。
1.2.3 PCR扩增产物的检测及结果分析
PCR产物用美国ABI 3130XL DNA测序仪分析。PCR产物1.0μL,ILS600内标0.8μL,Hi-Di 10.0μL,混勻编号,放入电泳仪中。GeneMapper?誖 ID Software v3.3软件分析Y-STR基因型。各基因座的不同等位基因,按照国际法医遗传学会DNA委员会(ISFG)推荐的命名原则进行命名[2]。
1.2.4数据处理
单倍型检出频率用直接计数法,基因多样性及单倍型多样性按公式GD=n(1-Pi2)/(n-1)计算(Pi为等位基因或单倍型频率)计算。[3]
2结果与分析
检测126份无关男性样本,DYS393基因座检出6个等位基因,GD值0.6840634836;DYS389Ⅰ基因座检出5个等位基因,GD值0.66412695;DYS389Ⅱ基因座检出8个等位基因GD值0.777809779,DYS439基因座检出6个等位基因,GD值0.674285722;DYS438基因座检出5个等位基因,GD值0.428317509;DYS437基因座检出3个等位基因,GD值0.4011429333;DYS19基因座检出5个等位基因,GD值0.7489523326;DYS392基因座检出5个等位基因,GD值0.7506031934;DYS391基因座检出4个等位基因,GD值0.464634921;DYS390基因座检出5个等位基因,GD值0.6896507423;DYS385基因座检出38个等位基因,GD值0.4541583306。GD值最高的为0.777809779(DYS389Ⅱ),GD值最低的为0.4011429333(DYS437)。11个Y-STR基因座的单倍型共112种,单倍型多样性达0.985260771。
3讨论
Y-STR基因座为人类男性所特有,按单倍型父系遗传;对正常女性DNA进行Y-STR分型,结果为阴性;并且在女性DNA含量很高的背景下,可以不受女性成分的干扰;适合应用于混合样品的检测分析。因此,Y-STR基因座在法医学个体识别和父权鉴定中具有特殊应用价值,同时也适合应用于无创伤害性产前分子遗传分析。
本研究调查126例齐齐哈尔汉族无关男性个体,检出DYS393基因座的6个等位基因,DYS389Ⅰ基因座的5个等位基因,DYS389Ⅱ基因座的8个等位基因,DYS439基因座的6个等位基因,DYS438基因座的5个等位基因,DYS437基因座的3个等位基因,DYS19基因座的5个等位基因,DYS392基因座的5个等位基因,DYS391基因座的4个等位基因,DYS390基因座的5个等位基因,DYS385基因座的38个等位基因;共检出112种单倍型,单倍型多样性达0.985260771,获得了齐齐哈尔汉族群体的11个Y-STR基因座单倍型频率等数据,表明该系统具有较强的个体差异,显示齐齐哈尔汉族群体的11个Y-STR基因座具有丰富的遗传多态性。
参考文献(References):
[1] Walsh PS, Metzger DA, Higuchi R. Chelex 100 as a medium for simple extraction of DNA for P CR-based typing from forensic material.Biotechniques,1991,10:506~518
[2] Gill P, Brenner C, Brinkman B, Budowle B, Carracedo A, Jobling M A, Kayser M, Krawczak M, Mayr W, Morling N, Olaisen B, Pascali V, Prinz M, Roewer L, Schneider P M, Sajantila A, Tyler-Smith. DNA Commission of the International Society of Forensic Genetics: recommendations on forensic analysis using Y-chromosome STRs. Forensic Sci Int, 2001, 124 : 5~10
[3] Carracedo A, Beckmann A, Bengs A . Result of a collaborative study of EDNAP group regarding the reproducibility and robustness of the Y-chromosome STRs DYS19, DYS389Ⅰand DYS389Ⅱ, DYS390 and DYS393 in a PCR pentaplex format. Forensic Sci Int,2001,119:28.