病原微生物是能引起人类传染性疾病的微生物。病原微生物包括病毒、立克次氏体、细菌、螺旋体、真菌和放线菌等。
　　病毒
　　病毒是形态最小、结构最简单的一类微生物。病毒没有完整的细胞结构，只有寄生在活细胞中才能生长繁殖。人类传染病中约80％是由病毒引起的。如天花、麻疹、流行性感冒等都是由病毒引起的传染病。
　　立克次氏体
　　立克次氏体是介于细菌与病毒之间的一类致病微生物，其结构似细菌，比细菌小，光镜下可见，具严格的寄生性，必须在活细胞内才能生长繁殖。立克次氏体常寄生在节肢动物体内，通过动物叮咬吸血等方式侵入人体而引发疾病。如斑疹伤寒、恙虫热等。
　　螺旋体
　　螺旋体是一类细长呈弯曲状、运动活泼的单细胞微生物，是介于细菌和原生动物之间的一类微生物。由螺旋体引起的常见传染病有梅毒、回归热等。真菌结构比细菌复杂，有明显的细胞核。有单细胞和多细胞两大类。常见的真菌传染病为皮肤病，如癣。
　　细菌
　　细菌是一种单细胞生物，它的外形一般为球形、杆形或螺旋形，是一种通常以二分裂方式进行繁殖的原核生物。细菌的个体微小，一般球菌直径为0.5～1.0微米，杆菌宽1微米、长2微米。细菌在自然界的分布很广，存在于土壤、水、空气和动植物体表面及消化道等处，其中土壤是细菌的主要分布场所，每克干土约含细菌108～1010个。大多数细菌为异养，少数为自养，包括化能自养和光能自养。在异养细菌中，大多数为腐生，少数为寄生。
　　细菌对有机物有很强的分解能力，有些还能进行固氮作用和硝化作用，所以细菌在自然界的物质循环中、在土壤的腐殖质的形成中起着重要的作用，对动植物的生存和农业生产也具有重要意义。在医学上，金黄色葡萄球菌等能引起人的食物中毒，鼠疫耶尔逊氏菌、霍乱弧菌、伤寒沙门氏菌、痢疾志贺氏菌、结核分枝杆菌、苍白密螺旋体等能引起人类各种有关传染病的流行。少数细菌也能引起家禽、家畜和作物的传染病流行，使农业生产遭受较大损失。但也有许多细菌已用于食品工业、化学工业上，如利用枯草杆菌生产蛋白酶和淀粉酶，用于皮革脱毛、棉布脱浆；利用乳酸杆菌、醋酸杆菌生产乳酸、醋酸等化工原料。细菌在污水生物处理、沼气发酵中也起着重要作用。细菌也是生物学的重要实验材料，科学家曾用肺炎球菌发现并证实DNA是遗传物质。随着遗传工程的兴起，科学家已获得了能产生胰岛素等的大肠杆菌和对烃类有很强分解能力的假单胞菌的新菌株。
　　凡能引起人类疾病的细菌,统称为病原菌或致病菌。细菌在人体内寄生、增殖并引起疾病的特性被称为细菌的致病性或病原性。致病性是细菌种的特征之一，具有质的概念，如鼠疫细菌引起鼠疫，结核杆菌引起结核。致病性强弱程度以毒力表示，是量的概念。各种细菌的毒力不同，并可因宿主种类及环境条件不同而发生变化。同一种细菌也有强毒、弱毒与无毒菌株之分。病原菌的致病作用与其毒力、侵入机体的数量、侵入途径及机体的免疫状态密切相关。
　　而在一定条件下，正常菌群中的细菌也能使人患病：一是由于机体的防卫功能减弱,引起自身感染；二是由于正常菌群寄居部位的改变，发生了定位转移，也可引起疾病，例如大肠杆菌进入腹腔或泌尿道，可引起腹膜炎、泌尿道感染。因此，这些细菌被称为条件致病菌。
　　真菌
　　真菌的结构比细菌复杂，有明显的细胞核。它有单细胞和多细胞两大类。人类利用真菌已有几千年的历史。真菌的发酵产物可制成具有不同色、香、味的食物和调味品，如腐乳、酱油等。酶制剂生产、织物的退浆、石油的脱蜡、抗生素和甾族激素药物的生产等都和真菌有关。多种真菌是著名的药材并得到普遍应用。真菌分泌的生长素能促进植物生长。真菌能分解各种有机物，增强土壤肥力，在自然界物质循环方面起着重要的作用。真菌还引起植物的病害，如马铃薯晚疫病、小麦锈病等。真菌作为病原微生物还能侵入人体和动物，引起毛发、皮肤、神经系统、呼吸系统和其他内脏的真菌病。有些真菌产生的毒素如黄曲霉素能致癌。
　　放线菌
　　放线菌是一种原核细胞型微生物，是介于细菌和真菌之间的微生物，分为不含分枝菌酸的放线菌属和含分枝菌酸的诺卡菌属两大类。
　　大多数放线菌不致病，少数放线菌可引起疾病，如引起人放线菌病的病原菌，包括衣氏放线菌、内氏放线菌、粘液放线菌、龋齿放线菌及丙酸蛛网菌5种，其中以衣氏放线菌最为多见。