行政事业单位在我国很多领域具有举足轻重的影响，不仅对经济发展有着积极的作用，同时还提高了社会服务水平，支撑着社会经济的发展。而当前财政资金收支不平衡，最紧要的任务是如何使用较少的资金为社会提供更优质的服务。行政事业单位的预算管理有利于促进经济业务的规范化，提高资金配置的效率。现有的预算管理仍处于摸索阶段，尚存不完善之处，比如预算管理意识不足、制度体系建设不完善等。基于此，本文通过对行政事业单位预算管理过程中存在的预算编制缺乏科学性、内部控制管理意识不足、预算绩效评价不够科学等问题进行分析，多维度、深层次剖析目前单位预算管理问题的影响因素，主要从组织体系不健全、管理意识不足和预算绩效指标不科学三方面分析问题产生的原因，并据此提出了更新预算编制管理信息系统、建立健全内部控制管理制度和优化预算绩效指标等对策。以期能够提高行政事业单位财政资金的科学化使用和精细化管理，促进行政事业单位的资源优化配置。