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卵巢囊肿可分为卵泡囊肿和黄体囊肿两种，卵泡囊肿是由于卵泡上皮变性，卵泡壁结缔组织增生变厚、卵泡死亡、卵泡液未被吸收或者增多而形成的。黄体囊肿是由未排卵的卵泡壁上皮细胞黄体化而形成的，因而又称黄体化囊肿。在正常排卵之后，由于某些原因，黄体化不足，在黄体化内形成空腔，腔内聚积液体而形成的一种异常状态称为囊肿黄体，它和以上两种囊肿在外形上有显著的不同，有一部分黄体组织突出于卵巢表面，囊肿黄体不一定是病理性的，因而卵巢囊肿通常是指卵泡壁囊肿和黄体化囊肿。