为了解河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,对2012-2014年河南省不同猪场的150份腹泻样品进行了PEDV检测,并对其中14株PEDV的M基因和ORF3基因进行克隆测序和遗传进化分析。结果显示,这14个流行毒株M基因编码的氨基酸序列的同源性为96.9%~99.6%,与CV777经典毒株、韩国毒株及2010年以后国内流行的大多数毒株的氨基酸序列的同源性分别为97.4%~99.1%、96.9%~99.6%和97.8%~99.6%。这14个毒株中有2株ORF3基因与CV777疫苗株核苷酸序列的同源性为100%,存在49个核苷酸缺失;其余12株之间氨基酸序列的同源性为98.8%~100%,与CV777经典毒株、CV777疫苗株和韩国毒株氨基酸序列的同源性分别为95.1%~96.0%、90.2%~91.1%和97.3%~99.1%,与2010年以后国内流行的大多数毒株氨基酸序列的同源性为97.3%~99.6%。进化树分析显示,M基因可分为4个群,河南PEDV流行毒株主要以基因3群为主,其中CHHeN ZZ-2012毒株属于基因2群;ORF3基因分为3个群,CHHeN DF2-2012毒株和CHHeN ZZ-2012毒株分布于基因2群,其余12个毒株属于基因3群。结果表明,当前河南省主要流行的PEDV毒株M基因和ORF3基因与2010年以后国内流行的大多数毒株的同源性较高,与韩国毒株的亲缘关系较近;与经典毒株和疫苗株相比,其M基因和ORF3基因发生了变异,且临床出现或与疫苗株相似或与变异株相似的流行毒株。