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运用2005—2014年高技术企业的面板数据,基于三阶段DEA模型对中国中小型企业的投入产出效率进行评价,并与大型企业进行了对比分析。在此基础上,运用DEA-Malmquist生产率指数对中国不同规模类型高技术企业R＆D的全要素生产率及其分解指数的变化趋势进行了分析。结果表明：样本期间高技术企业总体的全要素生产率有一定幅度的提升,且主要得益于技术进步,但小型企业的全要素生产率增长幅度远远小于大中型企业。最后,根据实证结果得出了相关的结论和政策建议。