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"内部协同创新"是高校协同创新的一个重要分支,也是高校内部资源和要素有效整合的一大重要战略。自我国高等学校创新能力提升计划(也称"2011计划")实施以来,不少地方性高校也相继开展协同创新中心的创建。然而,在协同创新发展迅速的同时,地方性高校也面临体制、思想、文化和管理等四大困境。本文就地方性高校内部在协同创新过程中所遇到的困境进行剖析并提出几点思考。