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功能定位的实质是将动态性状变化过程的基本规律镶嵌在QTL定位框架内。拟合与时间相关的QTL基因型的期望均值向量和剩余误差的协方差矩阵是动态性状功能定位的核心内容。根据QTL的统计检测效率，通过比较关于QTL基因型的期望均值向量和剩余误差的协方差矩阵的子模型的不同组合，来筛选优化的功能定位模型。以水稻一个DH群体的叶龄性状为例，我们分别用3个具有生物学意义的子模型和2阶Legendre多项式去拟合QTL基因型的均方向量，用13个平稳和非平稳模型去描述剩余协方差的变化。其结果GM2和“衰减”指数模型组合被确定