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为促进创新，广东省逐年加大科研投入的力度，有力地促进了科技成果的出现，但不同研究主体、不同时间的投入产出有不同的效率，运用典型相关分析及数据包络法基于2002—2013年度广东省科技统计年鉴的相关数据就普通高校、研究机构及企业三大主体的科研投入产出效率进行了比较分析，结果表明普通高校的综合效率高于科研机构及企业的综合效率，但都没有达到最优，同时，随着时间的推移科技投入产出效率呈现了递增趋势。