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西藏胡黄连是著名的濒危西藏药材，其粗壮的根茎部是重要的合成和储存药用萜类物质器官，萜类含量显著高于叶部。为克隆西藏胡黄连根状茎和叶的差异表达基因，利用抑制消减杂交技术，构建了根状茎特定的抑制消减文库。从该SSH文库中随机挑取片段不一的阳性克隆测序，采用Blastx进行同源比对，获得了27个表达序列标签（EST），并获登录号。序列统计分析结果表明，其中有11个EST在GenBank中无同源性序列，推测可能是新基因片断。蛋白质功能分类结果表明，这些蛋白质与翻译、能量代谢、转运与结合、细胞膜合成、氨基酸生物合成