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[目的/意义]本文认为在科技评价指标中隐含3种权重:实际权重、自然权重、数据分布权重,为了分析它们之间的关系及对评价方法选择产生的影响。[方法/过程]本文以JCR2016数学期刊为例,同时选取主成分分析和TOPSIS作为非线性评价方法的代表进行对比分析,并提出采用动态最大均值标准化方法消除自然权重。[结果/结论]评价指标自然权重影响线性评价结果;评价指标数据分布权重主要影响非线性评价结果;不同非线性评价方法也会影响非线性评价的实际权重;指标权重特性影响评价方法的选择,线性评价可以消除自然权重,而且不存在数