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第三方核查机构在理论上存在私人核查机构和具有政府背景的核查机构两种类型。私人核查机构是实践中比较常见的第三方核查机构的类型。同时,也存在政府部门直接委托核查机构和由排放单位委托核查机构两种委托模式。我国目前主要采取第一种模式。在排放单位直接委托私人核查机构以及政府主管部门委托具有政府背景的核查机构的情况下,核查机构的独立性会受到不同的挑战。这就要求排放单位或者政府部门与核查机构在签订核查服务合同时,三方主体均要受到比普通的民事主体更为严苛的法律规制。