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生殖道沙眼衣原体（Ct）是全球最常见的性病病原体，在很多国家，Ct感染发病率已超过淋球菌感染发病率，位居性病之首。Ct感染可引起男性尿道炎、附睾炎、前列腺炎及不育，女性宫颈炎、子宫内膜炎、盆腔炎、不孕及新生儿结膜炎等多种疾病，并且Ct感染泌尿生殖道后，症状隐匿，易被患者忽视，导致病情迁延、复发或反复感染。此外，Ct感染还可增加人乳头瘤状病毒、艾滋病病毒等性病的感染风险。如何预防控制Ct的传播，已成为全球重要的公共卫生问题。Ct的分子流行病学特征是目前研究的热点，该类研究旨在发现变异菌株、阐明传播动力学、探究菌株型别在不同人群间的分布等，进而为Ct的防控提供分子生物学方面的依据。本文从Ct的流行现状、分子流行病学研究方法及分型在临床的应用等方面进行综述，为Ct的防控及研究提供参考。