【摘 要】
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为给猪细小病毒(Porcine parvovirus,PPV)主要非结构蛋白(NS1)基因选择良好的宿主表达系统提供参考依据,本研究运用EMBOSS在线分析软件的CHIPS和CUSP程序对PPV NS1基因进行密
【基金项目】
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四川生猪现代产业技术体系岗位专家,四川省财政基础科研经费专项;四川省繁育专项;四川省畜牧科学研究院基本科研业务费专项【(SASA)2011A04】
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为给猪细小病毒(Porcine parvovirus,PPV)主要非结构蛋白(NS1)基因选择良好的宿主表达系统提供参考依据,本研究运用EMBOSS在线分析软件的CHIPS和CUSP程序对PPV NS1基因进行密码子偏爱性分析。结果显示PPV NS1基因的CAI值为0.642,ENC值为39.703,这表明NS1在密码子使用上存在较明显的偏爱性,且第三位核苷酸尤其偏爱A或T;从与PPV NS1基因密码子使用频率比值上看,使用频率差异较大的在大肠杆菌有33个、酵母有26个、人有27个;PPV NS1基因共有71个大肠杆菌稀有密码子,并且还有多个稀有密码子多次串联成簇出现的情况。结果表明酵母等真核生物与其密码子偏爱性较为接近,可作为该基因体外表达宿主的首选。
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