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目的：在科研绩效评价的基础上，提高高校的科研资源利用效率，优化高校科研资源配置。方法选取数据包络分析法对重庆市属的12所普通高校进行研究，运用MaxDEA 6.0软件得出各高校科研绩效的有效性结果。结果 DMU6，DMU8大学处于完全有效状态，DMU4、DMU5、DMU10、DMU114所学校处于无效状态，剩余8所高校处于有效或弱小状态。结论重庆市属普通高等学校中只有2所高校科研投入产出是相对完全合理的，其他大学需要做出改进，大部分学校需要做出的改变不大。