【摘 要】
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在启动子区域中,通常存在多个转录因子结合位点(transcription factor binding site,TFBS)与不同或相同的转录因子结合。这些TFBS,不但将转录因子与目标基因联系起来,还间接
【机 构】
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作物基因工程湖南省重点实验室; 湖南农业大学生物科学技术学院;
【基金项目】
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国家转基因生物新品种培育科技重大专项(2009ZX08001026B);湖南省科技重大专项(2009FJ1004-1);国家自然科学基金(31000125)资助项目
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在启动子区域中,通常存在多个转录因子结合位点(transcription factor binding site,TFBS)与不同或相同的转录因子结合。这些TFBS,不但将转录因子与目标基因联系起来,还间接提供了转录因子间协同作用的线索。而转录因子间的协同作用,是转录调控网络的重要组成部分。因此,识别在一个启动子区域同时出现的多个TFBS是构建转录调控网络的重要途径。在启动子区域成对出现的TFBS,通常用配对模体(motif pair)来表示。由多个TFBS构成的调控区域则通常被称为顺式调控模块(CRM,cis-regulatory modules)。配对模体与CRM的识别算法利用了它们的保守性、位置与距离偏好性以及调控基因共表达等特性提高识别的准确性。根据TFBS的共现构建转录调控网络仍然具有较大的局限性,多种不同数据来源的整合是未来的研究方向。
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